با توجه به ابعاد گوناگون و نوپا بودن علوم مرتبط با پزشكي قانوني، پيشنهاد ايجاد تشكيلات علمي با هدف پژوهش در زمينه علوم پزشكي قانوني در سال 1385 مطرح شد و با پيگيري مجدانه معاونت پژوهشي سازمان پزشكي قانوني كشور، مركز تحقيقات پزشكي قانوني با دريافت موافقت اصولي در سال 1387 راه‌اندازي گرديد و با شماره ثبت 41277 در سال 1395 تأسیس شد.

مرکز تحقیقات پزشکی قانونی تشكيلاتي پژوهشي و آموزشی است که با هدف انجام پروژه‌های پایه و کاربردی در حوزه پزشکی قانونی، زيرنظر سازمان پزشكي قانوني كشور فعالیت می‌کند که اينك پس از گذشت حدود دو دهه از آغاز فعالیت و با طي فراز و نشيب‌هاي فراوان در مسير انجام فعاليت‌هاي پژوهشي و آموزشي، اين مركز توانسته تا در راه نيل به اهداف و رسالت‌هاي خود گام مهمي بردارد و نقش خود را در اعتلاي نظام پژوهشي كشور به اثبات برساند.

مرکز تحقیقات پزشکی قانونی بعنوان یکی از مراکز تحقیقاتی منحصر بفرد چه از نظر زمینه‌های پژوهشی و چه از نظر همگرایی بین رشته­‌ای و تنها مركز تحقيقاتي در كشور با زمينه پژوهش و آموزش در علوم قانوني، با انتشار كتاب، چاپ و ارائه مقاله در مجلات معتبر داخلي و خارجي و كنفرانس‌هاي علمي كشوري و بين‌المللي، حمايت از ثبت و توليد محصولات دانش بنيان پژوهشگران و محققان جوان كشور، برگزاري كارگاه‌هاي آموزشي، نشست‌هاي هم‌انديشي، برگزاري و همكاري در برگزاري همايش‌هاي كشوري و بين‌المللي متعدد، انعقاد تفاهم‌­نامه‌هاي همكاري با ساير مراكز تحقيقاتي و دانشگاه‌ها، همكاري پژوهشي با استان‌ها و … قدم بزرگ و مهمي را در راه توسعه پژوهش و ارتقا سطح علمي كشور برداشته است.

از اصلی‌ترین اهداف این مرکز می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:

1- توسعه و بکارگیری دانش بشری در زمینه علوم پزشکی قانونی

2- انجام پژوهش‌های پایه و کاربردی در زمینه علوم پزشکی قانونی در جهت اصلاح نظام خدمات‌رسانی پزشکی قانونی و خدمات قضایی

3- جمع‌آوری، تنظیم و طبقه‌بندی اسناد، مقالات و مدارک مربوطه و انتشار نشریات علمی، اطلاعاتی و آماری در زمینه علوم پزشکی

4- تربیت نیروی انسانی محقق و ارایه آموزش در سطوح مختلف علمی در زمینه پزشکی قانونی

5- ترغیت، تشویق و بکارگیری محققین

6- همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و علمی و آموزشی و اجرایی کشور

7- همکاری علمی با مراکز تحقیقاتی و آموزشی سایر کشورها و سازمان‌های بین‌المللی

8- حضور، شرکت و عضویت در سازمان‌ها و مجامع علمی، آموزشی و تحقیقاتی خارجی و بین‌المللی

9- تولید و تجاری‌سازی تجهیزات و ملزومات مورد نیاز در حوزه پزشکی قانونی

در حال حاضر، مرکز تحقیقات پزشکی قانونی دارای ۵ گروه تخصصی با نام‌های گروه پزشکی قانونی بالینی، گروه علوم تشریح، گروه آزمایشگاه قانونی، گروه علوم پایه و فناوری، و گروه آسیب‌های اجتماعی می‌باشد.​